BAUBLE

Назначение - восстановление отсутствующих атомов в pdb файлах. Позволяет восстанавливать пропущенные атомы, не лежащие в основной белковой цепи, водороды. Возможно выполнение замен аминокислотных остатков.
Область применения - молекулярная биология, химия
Используемый алгоритм основывается на конформном преобразовании пространства для заданного в amino*.lib файлах образцов аминокислотных остатков к соответствующему аминокислотному остатку в белке. Позиции недостающих атомов восстанавливаются согласно преобразованному образцу.
Инструментальные средства создания - С++
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1