Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)

Компьютерная система «MGSmodeller» предназначена для создания, вычисления и анализа математических моделей молекулярно–генетических систем. Разработана как ECLIPSE RCP приложение, благодаря чему имеет модульную архитектуру. Данная система содержит следующие модули: «конструктор/редактор моделей», «расчет моделей», «обратная задача», «оптимальное управление». Модуль «конструктор/редактор моделей» позволяет создавать и редактировать модели, используя оригинальный, разработанный авторами, стандарт спецификации моделей «SiBML»[1]. Идеи, вложенные в структуру языка SiBML, помимо стандартного набора функциональности по представлению моделей, позволяют также описывать и моделировать матричные процессы, такие как транскрипция, трансляция, учитывать полиаллельность геномов и ориентацию генов. Что, по сути, позволяет моделировать эксперименты генной инженерии. В системе реализованны средства синтаксического и семантического анализа для языка моделирования. Система "MGSmodeller" также включает: средства конструирования моделей произвольных МГС, средства подготовки моделей для расчета динамики, решения обратных задач и задач оптимального управления. Для расчетов используется метод "Гира". Пользовательский интерфейс системы «MGSmodeller» позволяет наглядно отображать результаты расчёта и анализа математических моделей МГС. Одним из преимуществ данной разработки является возможность объединять несколько готовых моделей, что позволяет реконструировать подсистемы моделируемой МГС независимо друг от друга, и создавать базу готовых моделей, как блоков для создания более сложных систем. Дополнительная информация доступна в следующих публикациях:
1) Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ратушный А.В., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.В.. Обобщенный химико-кинетический метод моделирования генных сетей // Молекулярная биология, 2001 т. 3. №. 6. с. 1072-1079;
2)Likhoshvai V. and Ratushny A. Generalized Hill function method for modeling molecular processes // Journal of Bioinformatics and Comp. Biology, 2007. V. 5. N.2. P. 521-531.